何もなければ問題ないが、それならばLCCを利用した方がいいと思いました。

何も問題が生じなければ良い航空会社だと思いますが、それならばLCC含め、どの航空会社でも同じことでしょう。以下は私の体験談です。

セブ島近くのドゥマゲティ空港から、マニラの国際空港に向かい、トランジットして成田に帰国する予定でしたが、ドゥマゲティ空港の出発が2時間遅れ、成田へのトランジットができませんでした。

まず遅れることが出発前にわかりましたので、フィリピン航空の日本のサポートセンターに電話して、トランジットに協力して欲しい旨を伝えました。
その協力もできない旨を最初伝えられましたが、交渉しマニラの国際空港でうまくトランジットできるようにサポートする旨を聞き、念のためドゥマゲティ空港のスタッフにも同内容を約束いただき、安心して搭乗しました。

そしてマニラの国際空港に着いたのですが、結局なんのサポートも受けられず、トランジットに失敗しました。トランジットに失敗したことよりも、事前に約束したサポートを一切受けられず、約束を一方的に反故されたことが何よりも残念でした。

その旨をまず日本のサポートセンターに伝えたところ、マニラのフィリピン航空に直接交渉して欲しいと一蹴されました。残念な気持ちがより一層増しただけでなく、なぜ同じ会社であるにもかかわらず、日本から交渉ができないのかについても一向に回答が得られず、たらい回しにされる不信感のみが募りました。

上記を受けて、次にマニラのフィリピン航空のオフィスに、日本から上記の旨を伝えられたので、どうにかできないか聞いたところ、transit centerに聞いてくれと言われました。

その後、transit centerに行ったところ、どうにもできないからマニラのホテルを自分で予約して欲しいと伝えられました。このままたらい回しにされ続けると日が暮れるので、結局ホテル、移動費、通信費全て自費で次の日の飛行機で帰ることにしました。

結論としては、直航便で使う分には問題ないでしょうが、今回の経験から乗り換え便として使うには最低3時間空けなければならず、乗り換え便では全く使い物にならないと判断しました。
また何かトラブルが生じても、日本からは何のサポートもありませんので、英語で全て対応する必要があり、相当の英語力が要求されるのて、その点でも十分な注意が必要です。
移動手段としてのみのサービスは良いので、特定の条件を満たせば問題ないのかなと思いますが、ならばCebu pacificやair swiftなどのLCCで十分だと感じました。